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曾在中研院擔任研究人員的行政院長江宜樺7月初才在院士會議上說：「當時不希望被比照為一般公務員，也從來不覺得自己是公務員，研究人員比較偏向學術機構，《自由時報》報導「中研院禁領導連署」，更發出公文指院內編制人員公務員，不得發起遊行、連署，引發研究員不滿。

中研院秘書長、個體細胞與個體生物學研究所特聘研究員吳金冽澄清，從太陽花學運到研究人員兼任國民黨智庫等多件社會矚目事件，都有中研院研究人員涉入其中，詮敘部才於5月底來文提醒，公務人員行政中立法的相關規範，例如不得於上班時間從事與政黨、政治團體或公職候選人領導的活動。

吳金冽說，「連署」指的是政黨活動的連署，《自由時報》的標題就像撒了一片網，好像任何連署都禁止，這是誤導。

島國前進發起人、中研院法律所副研究員黃國昌說，包括他在內一「拖拉庫」研究人員、大學教授對馬英九總統的施政有所批判，如果政府想透過這個方式要他們閉嘴，那將令人遺憾。

黃國昌說，中研院研院人員與公務人員工作內容與性質完全不同，用公務體系來規範研究人員是件荒謬的事。他說，當年院長翁啟惠領導修正《行政中立法》，他還陪著翁向考試院長關中說明其中的矛盾，尤其翁啟惠一直以來支持公教分離、推《科技基本法》，如今一紙公文，恐讓整件事走了回頭力，擔心翁院長遭受了極大政治壓力。（陳威廷／台北報導）

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