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行政院副院長毛治國致詞時幽默的說，朱敬一在內閣會議中「全方位關照政府政策」，尤其是小型會議中常有「很賊」的意見，在內部會議激起火花，希望卸任後的朱敬一擔任報社主筆工作，能已過來人的身分，多體諒政府政策有很多無奈，下筆時能「多多擔待」。

馬英九則是笑說，跟朱敬一的接觸比較少，但對於任內推動的彈薪計畫、產學合作大聯盟小聯盟都印象深刻，剛剛才知道原來這是他「比較不賊的部分」，其他比較賊的部分沒機會接觸到。

馬英九表示，政府重視科技發展，儘管財政困難，科技預算6年來投入6378億元，由97年的861億元增至103年的938億元，成長將近9%，科研投入占GDP的3%，但這個比率仍比韓國低，還有繼續努力的空間。

朱敬一發表卸任感言指出，希望他做到的「三大好」，科技部能傳承延續，分別是自己任內不接受任何一件關說案、司處長都具備基礎科學的背景，以及科學園區兼顧環保等，尤其他對科學園區的環保深具信心，絕對沒有任何一個企業裝設暗管偷排廢水。

張善政則強調，科技部是接續國科會，好的傳統都會持續做下去，另外，他也談到自己雖然被稱讚擁有高EQ，但不代表聽話，他很多時候和行政院長江宜樺意見並不一致，所以「老闆說的不見得會聽」，但會以溝通的方式說服長官接受。

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